清潔生產審核包括前期合同評審及簽訂、清潔生產實施、評估驗收三個階段。
山東科苑環境認證中心與企業簽訂合同后，山東科苑環境認證中心根據該項目特點選派清潔生產審核師和技術專家到現場進行清潔生產審核方法的培訓，幫助企業成立清潔生產審核小組，制定清潔生產審核計劃，根據各階段的工作安排開展工作。
第一階段：籌劃與組織
工作重點是組織宣傳培訓、提高全員清潔生產意識，取得最高管理層的支持與參與，組建清潔生產審核小組、制定清潔生產工作計劃。
第二階段：預評估
工作重點是對企業概況、生產狀況、環保狀況、管理狀況、員工素質、產污排污狀況及與國內外同類企業產污排污比較、產污原因等情況進行調查評價，確定審核重點，制定清潔生產目標，提出并實施無低費方案。
第三階段：評估
工作重點是由審核重點單位負責確定物料輸入輸出方式，建立物料平衡圖；對排污狀況分析研究，找出原因；繼續提出并實施無費/低費方案。
第四階段：方案的產生和篩選
工作重點是研究制定備選方案，對方案進行分類，確定篩選方案，并繼續實施無/低費方案。編寫中期審核報告。
第五階段：方案可行性分析
工作重點是對篩選出的方案進行技術、環境及經濟與社會效益的綜合分析，向審核組推薦可實施方案。
第六階段：方案實施
工作重點是組織實施推薦方案，并對方案實施成果進行評價。
第七階段：持續清潔生產
工作重點是進一步建立和完善清潔生產組織、相關支持性文件、制度、記錄等，制定持續改進意見和規劃，實現持續清潔生產。
山東科苑環境認證中心清潔生產審核師和技術專家根據不同階段的需要及時到現場對貴單位的清潔生產審核工作小組進行指導，共同完成清潔生產終期審核報告。報告完成后向當地環保局提出評估申請，省環保局組織清潔生產審核專家進行評估驗收。驗收通過后省環保局發放山東省清潔生產審核績效證書。
清潔生產審核流程詳見清潔生產審核流程框圖。
